مرکز تحقیقات علوم اعصاب دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی به عنوان یکی از اولین مراکز تحقیقاتی تخصصی از سال 1378 فعالیت خود را با هدف توسعه فعالیتهای علمی و پژوهشی در زمینه علوم اعصاب پایه آغاز نمود. این مرکز به موازات تقویت توانمندیهای پژوهشی نوآورانه و گسترش دهنده مرزهای دانش، از سال 1388 مبادرت به آموزش نیروهای متخصص علوم اعصاب در قالب دوره دکترای تخصصی نیز نمود. این مرکز با توجه به اهمیت روزافزون مباحث تحقیقات علوم اعصاب پایه و بالینی، ضرورت اتحاد و همگرایی با سایر مراکز تحقیقاتی مرتبط در دانشگاه شامل مرکز تحقیقات نوروفیزیولوژی و مرکز تحقیقات نوروبیولوژی را دریافته و لذا در مرداد سال 1403 با تصویب شورای گسترش وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی پژوهشکده علوم اعصاب و شناخت تاسیس شد.